A história se passa em 2077, dez anos após o Japão ter se isolado do resto do mundo com um campo magnético ao redor do arquipélago, quando a ONU se opôs ao desenvolvimento de qualquer tipo de robô e biotecnologia, que tinha se desenvolvido rapidamente e estava se tornando uma ameaça a humanidade. Quando o Japão começa a apresentar sinais de movimentação, o governo norte-americano envia uma equipe da força especial SWORD, liderada pela comandante Vexille, para investigar o que está acontecendo dentro do país.